Den overordnede ledelse af Marselisborg Gymnasium ligger hos skolens bestyrelse, mens den daglige ledelse varetages af skolens rektor i samarbejde med tre uddannelseschefer.

I henhold til vedtægterne består bestyrelsen af i alt ni medlemmer, fordelt med fem udefrakommende, to medarbejder og to elever. Eleverne udpeges af elevrådet, og medarbejderne (som hidtil har været lærere) vælges af og blandt samtlige skolens medarbejdere.